Эта статья расскажет о том, как обработать данные, полученные после pipeline, выходом которого будет sam/bam файл[1], создать несложный bed graph файл (http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html) и просмотреть его с помощью UCSC genome browser[2]. Очень сложно решиться, на чем писать программы, ибо уже есть огромное количество чужих наработок и совсем не хочется сочинять колесо там, где этот этап уже пройден. Долго мучаясь, я решил остановиться на C++, хотя phyton и R рассматривались на равных. Также сохранилась идея, что может понадобиться графика, да ещё и под Linux, поэтому к С++ прибавилось Qt. Надеюсь, в этой статье я расскажу достаточно подробно о всем выше перечисленном, чтобы ответить на вопрос, заданный мне в начале пути и озвученный в первой части повествования.