Перевод поста piers7 «64 Bit Explained».

Послушайте, в этом правда нет ничего сложного.

Все программы находятся там же, в %ProgramFiles%, кроме случаев, когда вам требуется 32-битная версия, которая находится в %ProgramFiles(x86)%, за исключением ситуаций, когда дело касается 32-битной машины, и в этом случае они по-прежнему в %ProgramFiles%.

Все эти библиотеки, DLL, по-прежнему находятся в %SystemRoot%\System32, просто теперь они 64-битные. Ну а 32-битные, они вот, в %SystemRoot%\SysWOW64. Вы ещё следите за объяснением? Да, а 16-битные всё так же хранятся в %SystemRoot%\System – перемещать их в иное место было бы странным.